师资队伍
李旭凯
发布时间:2020-09-23文章来源:
Xukai_Li    

姓名:李旭凯

团队:杂粮功能基因组学中心

邮箱:xukai_li@sxau.edu.cn

地址:生命科学学院 307室

个人简介

李旭凯,博士,副教授,硕士生导师,生物信息系主任。2010年6月,毕业于华中农业大学,获学士学位;2017年06月,毕业于华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室,获博士学位。同年07月参加工作,山西农业大学杂粮种质创新与分子育种山西省重点实验室(后稷实验室)核心成员。在《Molecular plant》(IF: 21.949,1区 Top, 植物科学顶级期刊)、《Nature Plants》(IF: 13.256,1区 Top, 植物科学顶级期刊)、《International Journal of Molecular Sciences》、《Life》、《BMC Genomics》、《PLoS ONE》(入选ESI高被引论文)、《作物学报》(入选中国知网优秀中文文章)、《中国农业大学学报(自然科学版)》、《华中农业大学学报(自然科学版)》、《山西农业大学学报(自然科学版)》等杂志发表论文 30 余篇。

工作经历

2021.03 - 至今,     山西农业大学,生命科学学院,生物信息系主任;

2019.12 - 至今,     山西农业大学,生命科学学院,副教授;

2017.07 - 2019.11,山西农业大学,生命科学学院,讲师。

教育经历

2010.09 - 2017.06,华中农业大学,作物遗传育种,硕博连读/博士;

2006.09 - 2010.06,华中农业大学,农学,本科/学士。

主讲课程

为研究生讲授《研究生常用软件》、《生物学及研究进展》课程;

为本科生讲授《Perl语言编程》、《数据挖掘》、《生物信息学前沿》、《数据库应用》课程。

实验室成员

在读硕士研究生:孙蓉、韩梦霞.

在读客座硕士研究生:杨宇琭、李亚军.

毕业客座硕士研究生:张雅坤(荣获2021年国家奖学金2万元,中国农业大学攻博)、胡萌萌、郄倩茹、张丽玲、任碧云.

研究领域与方向

  1. 生物信息软件开发与应用;

  2. 植物功能基因组、植物三维基因组;

  3. 谷子功能成分、食味品质分子机制和应用研究;

  4. 谷子耐盐碱分子机制和应用研究。

发表的主要论文

# 为共一作者(Equal contributors); * 为通讯作者(Correspondence):

SCI 论文(第一或通讯)

  1. Yulu Yang, Jinjin Cheng, Huarui Han, Rong Sun, Yajun Li, Yakun Zhang, Yuanhuai Han, Hui Zhang, Xukai Li* (李旭凯). Genome-wide identification of the HKT transcription factor family and their response to salt stress in foxtail millet (Setaria italica). Plant Growth Regulation, 2022, x(x):x. DOI: 10.1007/s10725-022-00903-z. (通讯作者, SCI 期刊论文, 2022.09.22发表, IF: 3.242, 中科院分区: 3区)

  2. Xukai Li# (李旭凯), Jianhua Gao#, Jingyi Song#, Kai Guo#, Siyu Hou, Xingchun Wang, Qiang He, Yanyan Zhang, Yakun Zhang, Yulu Yang, Jiaoyan Tang, Hailang Wang, Staffan Persson, Mingquan Huang, Lishuai Xu, Linlin Zhong, Dongqin Li, Yongming Liu, Hua Wu*, Xianmin Diao*, Peng Chen*, Xiaowen Wang*, Yuanhuai Han*. Multi-omics analyses of 398 foxtail millet accessions reveal genomic regions associated with domestication, metabolite traits and anti-inflammatory effects. Molecular Plant, 2022, 15(8):1367-1383. DOI: 10.1016/j.molp.2022.07.003. (第一作者, SCI 期刊论文, 2022.07.08发表, IF: 21.949, 中科院分区: 1区Top, 植物科学顶级期刊)

  3. Yakun Zhang#, Jianhua Gao#, Qianru Qie, Yulu Yang, Siyu Hou, Xingchun Wang, Xukai Li* (李旭凯), Yuanhuai Han*. Comparative analysis of flavonoid metabolites in foxtail millet (Setaria italica) with different eating quality. Life, 2021, 11(6):578. DOI: 10.3390/life11060578. (通讯作者, SCI 期刊论文, 2021.06.18发表, IF: 3.817, 中科院分区: 3区)

  4. Zhirong Yang#, Haoshan Zhang#, Xukai Li# (李旭凯), Huimin Shen, Jianhua Gao, Siyu Hou, Bin Zhang, Sean Mayes, Malcolm Bennett, Jianxin Ma, Chuanyin Wu, Yi Sui*, Yuanhuai Han*, Xingchun Wang*. A mini foxtail millet with an Arabidopsis-like life cycle as a C4 model system. Nature Plants, 2020, 6(9):1167–1178. DOI: 10.1038/s41477-020-0747-7. (共同第一作者, SCI 期刊论文, 2020.08.31发表, IF: 13.256, 中科院分区: 1区Top, 植物科学顶级期刊)

  5. Renjian Li, Yanqing Han, Qi Zhang, Guorong Chang, Yuanhuai Han, Xukai Li* (李旭凯), Baojun Zhang*. Transcriptome profiling analysis reveals co-regulation of hormone pathways in foxtail millet during Sclerospora graminicola infection. International Journal of Molecular Sciences, 2020, 21(4):1226. DOI: 10.3390/ijms21041226. (通讯作者, SCI 期刊论文, 2020.02.12发表, IF: 4.183, 中科院分区: 2区Top)

  6. Xukai Li (李旭凯), Kai Guo, Xiaobo Zhu, Peng Chen, Ying Li, Guosheng Xie, Lingqiang Wang, Yanting Wang, Staffan Persson*, Liangcai Peng*. Domestication of rice has reduced the occurrence of transposable elements within gene coding regions. BMC Genomics, 2017, 18(1):55. DOI: 10.1186/s12864-016-3454-z. (第一作者, SCI 期刊论文, 2017.01.09发表, IF: 3.729, 中科院分区: 2区Top)

  7. Xukai Li (李旭凯), Haofeng Liao, Chunfen Fan, Huizhen Hu, Ying Li, Jing Li, Zili Yi, Liangcai Peng, Yuanyuan Tu*. Distinct geographical distribution of the Miscanthus accessions with varied biomass enzymatic saccharification. PLoS ONE, 2016, 11(8):e0160026. DOI: 10.1371/journal.pone.0160026. (第一作者, SCI 期刊论文, 2016.08.17发表, IF: 2.806, 中科院分区:3区,入选ESI高被引论文,截止2021年10月15日被引171次)

中文论文(第一或通讯)

  1. 孙蓉,杨宇琭,李亚军,张会,李旭凯*. 谷子PLATZ转录因子家族的鉴定和分析. 植物学报, 2022, 0(00):00.(通讯作者,国家1A级核心期刊,已接收)

  2. 杨宇琭,罗韶凡,郄倩茹,张雅坤,韩渊怀,李旭凯*,马芳芳*. 基于Camoco算法挖掘谷子叶鞘和叶枕颜色相关基因. 山西农业大学学报(自然科学版), 2022, 42(02):12-20.(通讯作者,核心期刊,2022.04.21发表)

  3. 任雪梅,南力彰,李旭凯*. 玉米胚乳醇溶蛋白合成的分子机制研究进展. 山西农业科学, 2021, 49(11):1355-1360.(通讯作者,2021.11.12发表)

  4. 高建华,欧阳春平,钱红梅,刘小琼,郭俊佩,赵雄伟,王兴春,韩渊怀,李旭凯*,侯思宇*. Comparison of the promoter activity of vip3A gene and cry1Ia gene using IeGFP as a fluorescent reporter. 中国生物化学与分子生物学报, 2021, 37(05):617-626.(通讯作者,国家1A级核心期刊,2021.03.10发表)

  5. 胡萌萌,张丽玲,张雅坤,郄倩茹,任碧云,侯思宇,朱喆标,高建华,王海岗,李旭凯*,韩渊怀*. 基于WGCNA挖掘谷子淀粉合成相关基因. 山西农业大学学报(自然科学版), 2021, 41(1):11-19.(通讯作者,核心期刊,2021.01.08发表)

  6. 张丽玲,郄倩茹,罗韶凡,牛文康,朱喆标,高雨柔,李旭凯*,韩渊怀*. 谷子12种黄酮类代谢物合成通路分析. 山西农业大学学报(自然科学版), 2020, 40(4):10-18.(通讯作者,核心期刊,2020.06.16发表)

  7. 李旭凯,胡萌萌,张义茹,姜金霞,韩渊怀*. 基于米色、转录分析探究谷子食味差异. 山西农业大学学报(自然科学版), 2019, 39(5):1-9.(第一作者,核心期刊,2019.06.24发表)

  8. 李旭凯,李任建,张宝俊*. 利用WGCNA鉴定非生物胁迫相关基因共表达网络. 作物学报, 2019, 45(9):1349-1364.(第一作者,国家1A级核心期刊,2019.04.18发表,入选中国知网优秀中文文章,并全文翻译成英文在国际上宣传推广

  9. 李旭凯*,王钇杰,王俊杰. Enrich_analysis.pl, 差异表达基因富集分析的perl脚本. 生物信息学, 2018, 16(3):178-183.(第一作者,2018.09.15发表)

  10. 李旭凯,彭良才,王令强*. pep_pattern.pl, 搜索蛋白质序列模体的perl脚本. 华中农业大学学报(自然科学版) , 2014, 4:1-6.(第一作者,核心期刊,2014.06.10发表)

  11. 李旭凯,郭凯,彭良才,王令强*. ChooseMaterials.pl, 控制变量挑选实验材料的perl脚本. 生物信息学, 2013, 11(3):186-191.(第一作者,2013.09.15发表)

参与的论文

  1. Jiaoyan Tang, Xukai Li (李旭凯), Yakun Zhang, Yulu Yang, Rong Sun, Yajun Li, Jianhua Gao, Yuanhuai Han*. Differential Flavonoids and Carotenoids Profiles in grains of six Poaceae Crops. Foods, 2022, 11(14):2068. DOI: 10.3390/foods11142068. (SCI 期刊论文, 2022.07.12发表, IF: 5.561, 中科院分区: 2区)

  2. Guofang Xing#, Minshan Jin#, Ruifang Qu, Jiewei Zhang, Yuanhuai Han, Yanqing Han, Xingchun Wang, Xukai Li (李旭凯), Fangfang Ma*, Xiongwei Zhao*. Genome-wide investigation of histone acetyltransferase gene family and its responses to biotic and abiotic stress in foxtail millet (Setaria italica [L.] P. Beauv). BMC Plant Biology, 2022, 22(1):292. DOI: 10.1186/s12870-022-03676-9. (SCI 期刊论文, 2022.06.14发表, IF: 5.260, 中科院分区: 2区)

  3. Qianxiang Zhang#, Yaofei Zhao#, Jinli Zhang, Xukai Li (李旭凯), Fangfang Ma, Ming Duan, Bin Zhang*, Hongying Li*. The responses of the lipoxygenase gene family to salt and drought stress in foxtail millet (Setaria italica). Life, 2021, 11(11):1169. DOI: 10.3390/life11111169. (SCI 期刊论文, 2021.11.02发表, IF: 3.817, 中科院分区: 3区)

  4. Guifen Zhang, Lingqiang Wang*, Xukai Li (李旭凯), Shuming Bai, Yali Xue, Zihui Li, Shang-wen Tang, Yanting Wang, Youmei Wang, Zhen Hu, Ping Li, Liangcai Peng*. Distinctively altered lignin biosynthesis by site‐modification of OsCAD2 for enhanced biomass saccharification in rice. Global Change Biology Bioenergy, 2021, 13:305-319. DOI: 10.1111/gcbb.12772 . (SCI 期刊论文, 2020.10.26发表, IF: 5.316, 中科院分区: 1区Top)

  5. Jiajia Li, Xukai Li (李旭凯), Ahmed Adel Khatab, Guosheng Xie*. Phylogeny, structural diversity and genome-wide expression analysis of fibrillin family genes in rice. Phytochemistry, 2020, 175:112377. DOI: 10.1016/j.phytochem.2020.112377. (SCI 期刊论文, 2020.04.18发表, IF: 2.905, 中科院分区: 2区)

  6. Huizhen Hu, Ran Zhang, Zhangsheng Tao, Xukai Li (李旭凯), Yuyang Li, Jiangfeng Huang, Xinxin Li, Xiao Han, Shengqiu Feng, Guimin Zhang, Liangcai Peng*. Cellulose synthase Mutants distinctively affect cell growth and cell wall integrity for plant biomass production in Arabidopsis. Plant and Cell Physiology, 2018, 59(6):1144-1157. DOI: 10.1093/pcp/pcy050/4921018. (SCI 期刊论文, 2018.03.05, IF: 4.817, 中科院分区: 2区)

  7. Youmei Wang, Chaoqun Pang, Xukai Li (李旭凯), Zhen Hu, Zhengyi Lv, Bo Zheng, Peng Chen*. Identification of tRNA nucleoside modification genes critical for stress response and development in rice and Arabidopsis. BMC Plant Biology, 2017, 17(1):261. DOI: 10.1186/s12870-017-1206-0. (SCI 期刊论文, 2017.12.21发表, IF: 3.964, 中科院分区: 2区)

  8. Chunfen Fan, Shengqiu Feng, Jiangfeng Huang, Yanting Wang, Leiming Wu, Xukai Li (李旭凯), Lingqiang Wang, Tao Xia, Jingyang Li, Xiwen Cai, Liangcai Peng*. AtCesA8-driven OsSUS3 expression leads to largely enhanced biomass saccharifcation and lodging resistance by distinctively altering lignocellulose features in rice. Biotechnology for Biofuels, 2017, 10:221. DOI 10.1186/s13068-017-0911-0. (SCI 期刊论文, 2017.09.16发表, IF: 6.732, 中科院分区: 1区Top)

  9. Youmei Wang#, Dongqin Li#, Junbao Gao, Xukai Li (李旭凯), Rui Zhang, Xiaohuan Jin, Zhen Hu, Bo Zheng, Staffan Persson, Peng Chen*. The 2'-O-methyladenosine nucleoside modification gene OsTRM13 positively regulates salt stress tolerance in rice. Journal of Experimental Botany, 2017, 68(7):1479-1491. DOI: 10.1093/jxb/erx061. (SCI 期刊论文, 2017.03.28发表, IF: 6.538, 中科院分区: 2区Top)

  10. Fengcheng Li#, Guosheng Xie#, Jiangfeng Huang, Ran Zhang, Yu Li, Miaomiao Zhang, Yanting Wang, Ao Li, Xukai Li (李旭凯), Tao Xia, Chengcheng Qu, Fan Hu, Arthur Ragauskas, Liangcai Peng*. OsCESA9 conserved-site mutation leads to largely enhanced plant lodging resistance and biomass enzymatic saccharification by reducing cellulose DP and crystallinity in rice. Plant Biotechnology Journal, 2017, 15(9):1093-1104. DOI: 10.1111/pbi.12700. (SCI 期刊论文, 2017.03.15发表, IF: 7.443, 中科院分区: 1区Top)

  11. Yang Wang, Xukai Li (李旭凯), Kai Guo, Liangcai Peng, Yanting Wang*. Gene profling of plant cell wall biosynthesis for genetic enhancing biomass enzymatic saccharifcation in cereal crops. Journal of Plant Biochemistry & Physiology, 2017, 5:179. DOI: 10.4173/2329-9029.1000179. (期刊论文, 2017.01.19发表)

  12. 郄倩茹,胡萌萌,张丽玲,张雅坤,李旭凯,韩渊怀*,杨宏斌*. 小米油脂成分含量与小米粥感官品质的相关性. 中国农业大学学报(自然科学版), 2021, 26(04):38-46.(国家1B级核心期刊,2021.03.09发表)

  13. 赵雄伟,吴年隆,乔佳辉,李旭凯,韩渊怀,邢国芳*. 谷子酸性磷酸酶ACP家族基因鉴定与SiACP1耐低磷单倍型分析. 华北农学报, 2020, 35(4):35-45.(核心期刊,2020.08.28发表)

  14. 李任建,申哲源,李旭凯,韩渊怀,张宝俊*. 谷子NBS-LRR类基因家族全基因组鉴定及表达分析. 河南农业科学, 2020, 49(02):34-43.(核心期刊,2019.12.11发表)

  15. 易晓燕,李丰成,郭凯,张冉,李旭凯,王友梅,彭良才,谢国生*. 水稻半纤维素支链合酶GT61家族基因的结构特征和组织表达分析. 中国农业大学学报(自然科学版), 2015, 20(1):19-28.(核心期刊,2015.02.15发表)

  16. 陈婷婷,李旭凯,王如意,彭良才,夏涛*. 棉花GhPME1和GhPME2基因的克隆和表达分析. 中国农业大学学报(自然科学版), 2012, 17(5):7-14.(核心期刊,2012.10.15发表)

开发的主要生信软件

  1. http://sky.sxau.edu.cn/MDSi.htm:谷子多组学数据库.

  2. https://github.com/xukaili/CandiHap 或 https://bigd.big.ac.cn/biocode/tools/BT007080:vcf/ab1 数据单倍型分析软件.

  3. https://github.com/xukaili/T-DNA_Insertion_Identify:利用重测序技术鉴定 T-DNA 插入位点.

  4. https://github.com/xukaili/GFF2Gene_structure.pl:基因结构作图.

  5. https://github.com/xukaili/Genes_on_Chr:多个基因在染色体位置作图.

  6. https://github.com/xukaili/Enrich-analysis.pl:差异表达基因富集分析.

  7. https://github.com/xukaili/pep_pattern.pl:搜索蛋白质序列模体.

  8. https://github.com/xukaili/ChooseMaterials.pl:控制变量挑选实验材料.

主持的科研项目

  1. 国家自然科学基金青年科学基金项目,项目编号32001608,基于GWAS与基因共表达网络的谷子耐盐碱基因发掘及其功能研究,研究年限2021年01月-2023年12月,24万元.

  2. 山西省应用基础研究面上青年基金项目,项目编号201901D211362,谷子耐盐碱品种筛选与关键基因定位,研究年限2019年09月-2022年09月,3万元.

  3. 山西省优秀博士来晋工作奖励资金科研项目,项目编号SXYBKY201738,生物信息软件开发与晋谷21籽粒发育时期转录组探究,研究年限2018年01月-2019年12月,5万元.

  4. 山西农业大学科技创新基金项目,项目编号2017YJ27,小米代谢物差异与食味品质的关系,研究年限2017年07月-2020年07月,14万元.

参与的科研项目

  1. 国家重点研发计划项目子课题,项目编号2018YFD1000704-11,谷子氮素高效吸收利用的分子机制,研究年限2018年07月-2022年12月,50万元.

  2. 国家自然科学基金面上项目,项目编号31771775,小麦脆秆基因的图位克隆和功能解析,研究年限2018年01月-2021年12月,59万元.

  3. 国家自然科学基金面上项目,项目编号31772342,一个新的C2H2型锌指蛋白PhZFP1调控矮牵牛耐寒性的机理研究,研究年限2018年01月-2021年12月,60万元.

  4. 国家自然科学基金面上项目,项目编号31370604,杨树Elp基因影响ncm5U生物合成和参与干旱耐受的功能分析,研究年限2014年01月-2017年12月,80万元.

  5. 国家自然科学基金面上项目,项目编号31270658,杨树转录延伸复合体Elp基因参与干旱耐受的分子机制,研究年限2013年01月-2015年12月,15万元.

国家发明专利

  1. 高建华,王兴春,李旭凯,钱红梅. 一种增强原核系统中蛋白质表达的方法,中国,申请号CN201910234754.6 (实质审查)

荣誉获奖情况

  1. 2016年08月在《PLoS ONE》上发表的 SCI 论文入选ESI高被引论文,截止2021年10月15日被引171次.

  2. 2019年04月在《作物学报》上发表的国家1A级核心期刊论文入选中国知网优秀中文文章,并全文翻译成英文在国际上宣传推广.

  3. 华中农业大学2016-2017学年度优秀博士学位论文,2018年01月公布.

  4. 2018年度“五四青年标兵”称号,2019年05月公布.

  5. 山西农业大学生命科学学院2020年教职工年度考核优秀.

  6. “两优一先” 2020-2021年度优秀党务工作者,2021年06月公布.

  7. 山西农业大学生命科学学院2021年教职工年度考核优秀.

学术交流

  1. 参加中国生物工程学会第十四届学术年会,晋中,2021.10.15-17.

  2. 参加中国植物生理与植物分子生物学学会2021年全国学术年会,昆明,2021.07.26-29.

  3. 参加山西省生物化学与分子生物学会”第九届会员代表大会暨学术交流会,并做题为《谷子功能基因组学与分子育种》报告,山西医科大学中都校区,晋中,2021.07.18.

  4. 参加第二届全国代谢生物学大会,海南大学,海口,2020.12.04-07.

  5. 参加2019年中国作物学会学术年会,并提交论文摘要《MDSi: 谷子多组学数据库》,中国作物学会,杭州,2019.10.27-30.

  6. 参加河南大学首届植物代谢生物学学术研讨会,河南大学,开封,2019.05.25-27.

  7. 参加第一届全国代谢生物学大会,海南大学,海口,2018.12.04-07.

  8. 参加第四届全国功能组学高峰论坛,并做题为《挖掘公共数据解析转座子在栽培稻驯化中的作用》报告,百迈客研究院,北京,2017.10.23-24.

  9. 参加2017年中国作物学会学术年会,中国作物学会,北京,2017.10.14-17.

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